http://code-igniter.ru/user_guide/general/urls.html
Пипец... то что там вставили кусок кода с тригеррами это же не значит что они там нужны.

А нужную тебе задачу можна решить многими способами, их уже назвали:
1. через URI Роутинг
2. $config['enable_query_strings'] = FALSE;
3. переписать систему под свои нужды
4. МодРеврайт

Но как по мне, лучше пиши на голом ПХП без фреймворков, просто это тольок самая маленькая проблема которая всплила, но чтобы решать остальные нужно действительно знать хорошо ПХП.