"Как можно загрузить шелл через загрузку аватар?" - Аплоадом=) Если он в нужном расширении.
"Как выполнять команды в этом случае?" - Уже по сути никак. Апачей таких не осталось почти. А способ с шеллом в картинке используется для локальных инклудов.

__________________
..