Не обязательно "компилировать" файл. Есть несколько способов скрыть запускаемый файл.
1) Есть программа consoletool, её можно поместить в пакетный файл первой строкой. При запуске экран спрячется. Недостатки - экран моргнёт, требуется заливать два файла.
2) У меня была где-то замечательная мини-утилитка , скомпилированная из добытого в недрах осзоны примера, на пять строк. Приложение консольной строки, первый аргумент - выполняемая команда, запускает её с сокрытием окна, ничего не моргает. Недостаток один - нужно залить программу. Если будет актуально - могу кинуть код или бинарник.