На практике, в chroot сложно поместить программы, ожидающие при запуске найти свободное место на диске, файлы конфигурации, файлы устройств и динамические библиотеки в конкретных местах. Для того, чтобы позволить программам запуститься внутри chroot-каталога, необходимо обеспечить их минимальным набором таких файлов, желательно аккуратно выбранным так, чтобы не позволить неумышленный доступ к системе снаружи (например, через файлы устройств или FIFO).