mr.The, Ему скорее всего нужно чтобы скрипт был один, а информация в БД разная для конкретного поддомена. В твоем случае нужно чуть-ли не в каждую папку сувать скрипт цмс с разными настройками. Дешевле сделать .htaccess в каждой новой директории + конфиг с которыми из данной директории будет обращение к базе данных.