Вопрос очень общий и не совсем ясный. Во-первых какие АЦП будут установлены, а главное по какому протоколу ими управлять...

Как бы я делал... Начал бы с того - с каким расширением будет работать АЦП и насколько часто нужно собирать информацию. Какая точность, какая должна быть надежность. Дальше нужно приблизительное количество установленых АЦП и уже исходя с этих данных, можна б говорить о типе АЦП. Хотя в большинстве случаев я б ставил их на шину СПИ...