Есть доступ кронтабы посмотреть? /etc/crontab
Может там скрипты выполняются от пользователей с более большими привилегиями. И скрипты доступные для редактирования апача.

Версию ОС знаешь? Список пользователей в системе? Бэкконект или биндшел пробовал установить?