Зачем все так усложнять? Ты ведь pg_dump по крону выполняешь? Хотя если ты и вручную делаешь бэкап, то гораздо легче после завершения создания архива выполнять SQL-команды для удаления ненужных записей, т.е. сначала выполняешь pg_dump, а потом команду:
echo "truncate table tablename;" | psql database -q -t
http://www.postgresql.org/docs/7.4/static/app-psql.html