Файл-сервер работает как выделенный или как рабочая станция?
Первым делом поставь ServicePack2, получиться Windows Server 2003 R2 =)
Права доступа к шаре у пользователей есть?
Во вкладке Безопасность → Дополнительно запрети хоть бы права на удаление, ибо один юзверь перед увольнением решит сделать что-нить на память... Shift+F8. Лениво, думаю, будет тебе восстанавливать.
Поставь NOD32, если исчо нету. Он отлично работает с серверной Win.
Читай руководство по безопасности Windows Server 2003.
Изучай групповые политики. Будут более конкретные вопросы − задавай − помогу
Т.к. очень тебя понимаю − как на новую работу устроился, а там такой же зоопарк как у тебя сейчас