tor умеет работает с socks'ами
1) берешь любой ftp клиент, который умеет работать через socks (под win totalcommander, кажется, умеет)
2) настраиваешь его для работы через socks 127.0.0.1:9050
3) запускаешь tor
4) запускаешь ftp-клиент