флэшовой антивирус? =) жуть
Отключить в компе автозапуск, поставить антивирус

есть даже и такой
называется ClamWin Portable
http://portableapps.com/apps/utilities/clamwin_portable

еще есть
ClamAV
Основной сайт - http://www.clamav.net/
Портативная версия - http://portableapps.com/apps/utilities/clamwin_portable
Сам его давно использую в Linux, Windows и на флешке виндовую портативную версию таскаю

А ведь такие существуют)
ТС, гугли USB Disk Security, антивирь как раз для таких целей и предназначен.

Так же чтобы препятствовать инфекции флэшки с зараженных машин сделай следующее:

Создай на флешке файл Autorun.inf.
Через свойства=>безопасность, запрети модификацию файла, изменение, перезапись и т.д.

Должно помочь.

Что бы избежать автоматической записи на флешку вообще, создай папку, в которой будут храниться твои данные, в правилах безопасности отключи «Разрешить наследование разрешений от родительского объекта к этому...»

Потом в свойствах самой флешки(корня диска) в тех же настройках безопасности оставь разрешенными следующие пункты:
* Чтение и выполнение
* Список содержимого папки
* Чтение
И поставь запрет на запись:
В столбце «Запретить» поставь галочку на «Запись».

Ну и отключи автозапуск:
в реестре по адресу
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Pol icies

создай раздел Explorer

В нем создай ключ NoDriveTypeAutoRun

И присваивай следующие значения:
0x1 — отключить автозапуск на приводах неизвестных типов
0x4 — отключить автозапуск сьемных устройств
0x8 — отключить автозапуск НЕсьемных устройств
0x10 — отключить автозапуск сетевых дисков
0x20 — отключить автозапуск CD-приводов
0x40 — отключить автозапуск RAM-дисков
0x80 — отключить автозапуск на приводах неизвестных типов
0xFF — отключить автозапуск вообще всех дисков.

По-моему тут уже кто-то говорил, но довольно хороший способ это создать папку с именем AUTORUN.INF

Решение проблемы: https://forum.antichat.ru/thread52056.html
Больше года уже на своей флешке не видел вирей, хотя и вставлял в заражённые компы...