Base64/DES?

не DES и не md5(Base64)
"baGFICreRHw" вот эта последовательность точно не может повторятся в 2 хешах при кодировании md5(Base64)
а не DES потому что в этом алгоритме нету символа "=" в конце и он врядли будет использоваться там.

1) первоначальная обертка base64 и не только из-за вида, а и по тому что раскодированный массив байт имеет точную длину 8 или 16
2) будь везде 16 байт можно было бы точно предположить, что это скорее всего md5 ввиду распространенности алгоритма. потому что отображение md5 ставит в соответствие ровно 16 байтов==128бит. просто нет смысла держать хеш в привычном виде "\xFF"*16 когда можно взять поток не печатаемых 16 байт и завернуть в base64
а вот с 8 байтами только фантазию включать - вполне возможно, что это новые хеши, от новых пользователей. к примеру, зачем сравнивать 16 байт, когда можно сравнить только первые 8?
зы лучше, если имеется возможно добавлять в таблицу свои данные через серверное обеспечение, посмотреть что добавилось и перебирать все возможные варианты.

base64_encode(md5($code));

Madnet, глянь вот это
http://www.insidepro.com/hashes.php?lang=rus

А эти похожи на самописный алгоритм... в длинных цепочках baGFICreRHw= одинаковая. Если это относится к одному и тому же все, что просто переделан алгоритм и добавлено некое условие, например на пустой пароль

А вообще похоже, что первый и последний это MD4(Base64)