Думаю что можно также добавить сюда xpossed framework - тулза позволяет хукать любой вызов(системные \ пользовательские приложения) в андроиде.

установка происходит в два этапа.

• первый - через рекавери устанавливается системный модуль
  
• второй - уже в самой ос устанавливается управляющее приложение

вся работа происходит через так называемые модули.

от себя добавлю, что пробовал один раз, хотел прикрутить смену мака для вафли.
не вышло(не очень много времени уделил этому), все модули предназначенные для этого, которые лежат в офф репе хпосда - какое-то говно. сделал вывод что нужно писать самому.
а так, на мой взгляд, у софтины потенциал хороший.
и да, само-собой операции происходят на уровне приложения(хуки то там )и если кто-то\что-то обратиться ниже, то все всплывет наружу, как в случае со сменой мака.

насчет статьи - понравился обзор, узнал о новых и интересных инструментах умещающихся в кармане
осталось найти подопытный девайс для тестов!