С джумлой, все ОЧЕНЬ легко. ложишь шелл куда нибудь в папку с компонентами. Запоминаешь муть к нему (можешь запаковать)

Вшиваешь в индекс администратоа (для меньшей палевности) тупо iframe, с адресом страницы, на которой стоит счетчик, допустим liveinternet.

Далее палишь в счетчике реферрер, и соответственно знаешь где стоит скрипт. Идешь имеешь на нем шелл ))

На коленке называется )

А попдробнее можно, а то я чето половину нифига не понял...