fixed исключает возможность погрешности в просчётах, а так же floated если не попадает в рабочий диапазон flac формата (1Hz - 655350Hz) в некоторых случаях может допустить lossless ошибки.
З.Ы. - не думаю что свыше 655khz - есть какой то смысл говорить о lossless допустимости.

хм... есть один действенный способ лично посмотреть что же там такого разного.
итак. схема (:
есть 1 вавка. жмем во флак 2мя разными методами с одного источника. далее нужен приличный аудиоредактор. к примеру adobe audition. инвертируется амплитуда одного любого флака и прибавляется к другому, т.е. все идентичное уходит в ноль. остаются только различия. ну и далее смотрим уже на то, что получилось....
похожим способом проверяю поступающий lossless если есть подозрения реенкода... (-;