С помощью назначение задания (schtasks) запускать при запуске компьютера не подходит?
И чем способ c INSTSRV.EXE и SRVANY.EXE не устраивает?

Если win32 ,то попробовать использовать EXEStart.exe,но она тоже будет регестрировать,как сервис.

в Xp я убирал из автозапуска explorer.exe, и прописывал свою прогу, которая запускала уже рабочий слол, так прога и в безопасном режиме запускалась, но после того как введешь пароль.

HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\Notify
сюда может быть попробовать вписать, за последствия не ручаюсь

Этот параметр отвечает за атозагрузку при входе пользователя в систему.

нужно реализовать программу как службу(service), тогда она будет загружаться до входа пользователя в систему.
Также можно запустить некоторые обычные программы как службу (утилита, которая это делает называется srvany)