Яндекс в директе продаёт трафик, а не ссылки. Совершенно разные вещи. И продажа трафика и была его бизнес моделью 1996 года, поиск используется для завлечения людей, а извлечение прибылей с его обвязки. Воспринимайте яндекс как обычный сайт, есть посетители с рекламы которую он даёт везде - они пользуются поиском по сайту и попутно кликают по рекламе.