В общем сейчас присутствуют такие проблемы:
Редактор реестра не запускается, на .reg файлы не реагирует.
Не работает гаджет погоды на раб.столе. Пишет: не удалось подключиться к службе.
Не запускаются программы Ccleaner, AVZ
Системный диск засоряется подозрительно быстро (вероятно кэш)

Делал проверку каспером и прогой dr.web cureit. Ничего серьезного не выдали.
Из последних манипуляций были разве что обновления.
Обнову на IE11 пришлось откатить, так как при нем гаджеты вообще не работали.

Также проверял утилитой windows 7 manager, на одной из проверок получил такой отчет: http://rghost.ru/6DnR6TGcx.
Что можете посоветовать в данной ситуации?

ps. Стояла бы восьмерка, я бы сброс до заводских сделал-бы и не парился. Ну или десятку бы поставил, но та выйдет нескоро.