Ну в общем да - концепции разные.
По поводу Burp: просто включить прокси, натравить sqlmap на него и в хистори смотреть, какие запросы скулмап генерит к сайту.
Дальше, немного изучив его, можно перенаправлять уже в другие модули и раскручивать руками.
Даже при удачной раскрутке sqlmap'om будет виден конечный подобранный пайлоад. Далее играться с ним руками.
На начальном этапе считаю будет наглядным