Поставил NTFS на флеху, выставил на файл autorun.inf запреты Всем на удаление, запись, дозапись, измен. атрибутов, осталось затестить на заражённом компе...

ЗЫ По идее, чтоб перезаписать файл, надо стать сначала владельцем файла, так как, если даже если учётка админская, то она с другого компа, а затем снять с него запреты, что имхо во многих вирях нереализовано...