Уже давно интересует кто какую файловую систему предпочитает. Их великое множество. Вот кратких обзор часто юзаемых:

ext2 — Второе расширение файловой системы, разработанной для ОС на ядре Linux.
Она достаточно быстра для того, что бы служить эталоном в тестах производительности файловых систем. Она не является журналируемой файловой системой и это её главный недостаток.

ext3 — Так называется журналируемая версия ext2. Основное отличие от ext2fs состоит в том, что ext3 журналируема, то есть в ней предусмотрена запись некоторых данных, позволяющих восстановить файловую систему при сбоях в работе компьютера.

ext4 — Новая версия файловой системы ext3, с поддержкой экстентов. Четвёртая версия расширенной файловой системы, — журналируемая файловая система, используемая в ОС с ядром Linux. Основана на файловой системе ext3, которая является файловой системой по умолчанию во многих дистрибутивах. Впервые экспериментальная поддержка ext4 была выпущена в виде патча для Linux версий 2.6.19-rc1-mm1 и 2.6.19-rc1-git8 10 октября 2006 года программистом Эндрю Мортоном (Andrew Morton)[1]. Основной особенностью стало увеличение максимального объема одного раздела диска до 1 эксабайта (260 байт) при размере блока 4Kb. Кроме того, в ext4 представлен механизм пространственной (extent) записи файлов (новая информация добавляется в конец заранее выделенной по соседству области файла), уменьшающий фрагментацию и повышающий производительность.

ReiserFS — Файловая система, способная к журналированию.
Возможность упаковки нескольких небольших файлов в один блок (т. н. англ. tail packing — «упаковка хвостов») во избежание фрагментации и потери дискового пространства. Из-за сильной потери производительности Namesys рекомендует отключить эту возможность на чувствительных к ресурсам машинах.
Журналирование только метаданных.
Возможность изменения размера файловой системы «на лету».

Reiser4 — Файловая система, способная к журналированию, новая «реинкарнация» ReiserFS.

FFS — Fast File System, используемая для ОС семейства BSD. Разработана в Беркли.

HFS Plus — Обновлённая версия HFS, используемая в последних версиях ОС семейства Mac OS

FAT – Оригинально дисковая файловая система - теперь часто используется на флэш-дисках. Имеет ограничение на размер файла в 4 гигабайта.

NTFS — Используемая в линейке ОС Microsoft Windows NT журналируемая файловая система.
(от англ. New Technology File System — «файловая система новой технологии») — стандартная файловая система для семейства операционных систем Microsoft Windows NT.

NTFS заменила использовавшуюся в MS-DOS и Microsoft Windows файловую систему FAT. NTFS поддерживает систему метаданных и использует специализированные структуры данных для хранения информации о файлах для улучшения производительности, надёжности и эффективности использования дискового пространства. NTFS имеет встроенные возможности разграничивать доступ к данным для различных пользователей и групп пользователей (списки контроля доступа — ACL), а также назначать квоты (ограничения на максимальный объём дискового пространства, занимаемый теми или иными пользователями). NTFS использует систему журналирования для повышения надёжности файловой системы.

Источник _http://ru.wikipedia.org/wiki/Список_файловых_систем