Давайте здесь сообщать о найденых местах дислокации конфига. Очень будет удобно,если наткнёшься на уязвимость просмотра файлов на сервере пройтись просто по списку собранному всеми чем мучаться в одиночку .Ну кто в курсе тот понял :-)
Итак, по памяти :

/etc/rc.d/init.d/httpd скрипт запуска апача

/apache/conf/httpd.conf
/etc/apache/httpd.conf
/etc/httpd.conf
/etc/httpd/conf
/etc/httpd/conf/httpd.conf
/http/httpd.conf
/usr/local/apache/conf/httpd.conf
/usr/local/apache/httpd.conf
/usr/local/apache1.3/conf/httpd.conf
/usr/local/apache2/conf/httpd.conf
/usr/local/etc/apache2/httpd.conf
/usr/local/etc/httpd/conf
/var/apache/conf/httpd.conf
/var/www/conf
/www/apache/conf/httpd.conf
/www/conf/httpd.conf