Возможно твой сайт был взломан не внешне, а локально. А с тобой по локалу хостится 308 сайтов. Попроси админа поставить права тебе на твою директорию, где лежит твой сайт. Но а возможно и бага есть....
Да, локально, скрипт с вирусом лежал на моёмже хостинге, ip одинаковые сайтов, и значит есть баг тогда.