По мне так лучший вариант командовать ботом - по IRC
+ Не забанят, сайт могут закрыть.
+ Можно выбирать канал в зависимости от даты, тогда будет сложно вычислить
+ Зарекомендовавший себя метод

Можно и по е-мэйл.
+ Можно передавать/получать файлы
+ Можно генерировать ящики так же в зависимости от даты.

А сайт,ИМХО, прикроют быстро...

у меня гейт под видом монитора для cs полтора висел ))
пока я сам на него не забил )))

Все методы имеют свои преимущества и недостатки , потому спорить какой лучше мне кажется бесполезным

Когда-то делал что-то подобное, создал на сервере фтп, и бот(на С#) сканил локальную папку, что никак не кушает интернет, после получения команды (а это был обычный текстовый файл с параметрами обработки, которые он знак как обработать) отсылал на сайт, что в 12:12:12, получена команда такая-то, и ответ (что-то типа:
команда 1 выполнена;
команда 2 выполнена;
команда 3 стоит в очереди выполнения, (осталось 2м 20 сек);
статус сервера: Хреново На 2м конце была панель управления ботом, которая знала все команды, заходила на фтп и кидала этот файл, сервер сразу выполнял (что означает что он онлайн и давал результат). С сайта можно было делать все тоже самое.