Решение простое - есть протекторы, для NET приложений, которые при защите приклада МОГУТ включить в EXE все нужные библиотеки FrameWork`а (на уровне галочки делается).
Что то на X называющееся. Точнее не скажу сейчас.

По поводу инсталляции Net Framework без визуализации - запустите инсталлятор пакета (полный который, а не лоадер) с ключом "/?" и прочитайте хелп по ключам запуска. Там все есть (quiet ключик и какой то еще чтобы не задавали глупых вопросов).