Проект HungeR.ru представляет единственный в своём роде веб-сервис, который может склеить вам два exe файла в один исполняемый модуль, при запуске которого произойдёт запуск обоих склееных приложений, пока тестовая версия и работает в тестовом режиме, в планах сделать поддержку смены иконки, поддержку запуска файлов любых расширений, ну и много ещё чего, а пока наслаждаемся тем, что есть.
http://hunger.ru/joiner