Недостатки
1) Reiser3 может быть повреждена в результате перестройки дерева во время проверки.
2) Версии ReiserFS, включённые в ядро Linux младше версии 2.4.10, признаны нестабильными компанией Namesys и не рекомендованы для промышленного использования, особенно в связке с NFS.
3) Неизвестен способ дефрагментации, помимо полного дампа ФС и последующего восстановления.