Есть устройства , своеобразные "надстройки" над протоколами передачи голоса. По идее, должны быть и софт решения.
По теме есть следующее:
Устройство (скремблер) для защиты переговоров в IP телефонии (Skype) от прослушивания
Можно поискать софт-надстройку для Skype или для IP телефонии