Alexsize, ну что за глупости? При чём тут всякий случай? Если есть проблема, то и есть то, что её вызвало... Я вижу народ имеет слабое представление о понятии "dirty bit" в контексте Windows пятой линейки... Дело в том, что причина этого явления как раз и есть "грязный бит". Он может быть установлен для любого раздела, и означает, что данный раздел находится в неустойчивом состоянии. А ставится он может по ряду причин: из-за некорректного завершения работы, потому что том находится в подключенном состоянии и в нем имеются незавершенные операции ввода-вывода или из-за обнаруженных логических повреждений тома. В любом случа Windows при загрузке проверит все тома, у которых установлен этот "грязный бит" и запросит проверку их целостности. Файловую систему NTFS я посоветовал потому, что она обладает такой особенностью как "транзакционность", т.е. в большинстве случаев она будет в актуальном состоянии не смотря на сбои, в то время как FAT32 будет нервно курить бамбук в сторонке... Короче, выход в этой ситуации есть, он изначально неправильный, но если действительно достала проверка диска при загрузке, то можно исключить заданный диск из автоматической проверки, выполнив команду:
где X: - буква диска. Но я повторяю - это некорректно. Скорее всего, при попытке чтения какого-то файла или ещё чего-либо возникает сбой, что и ведёт к безусловной установке грязного бита для тома. Нужно внимательно посмотреть на сообщения системы (какие проги кричат, что они не могут запуститься), просмотреть журналы (там могут содержаться сведения о том, в каких процессах происходили исключения), короче выход - аналитика...

З.Ы. На машине стоит Postgres, MS SQL, Oracle, MySQL 5.X?