2 K)Fert (в дополнение к POST'y groundhog'a):

Проверь реестровый ключ (возможна распространённая ошибка autochk):

"HKEY_LM\System\CurrentControlSet\Control\Session Manager\BootExecute"...

В параметре "BootExecute" должно быть указано значение "autocheck autochk *"... Если его нет - создай обязательно, он должен выглядеть именно так и никак иначе! Кстати, а что Винда тебе говорит перед проверкой? Уточнить можно?
И пробуй то, что советовали люди выше...