Тут есть несколько причин:
- Плохое крепление вентилятора, из-за чего есть люфт и он стучит.
+ Подкрути винты, проблема может решится.

- Нарушена симметрия у лопастей, у меня была такая тема, когда я лопасть случайно оторвал, а потом приклеил.
+ Обычно помогает покупка нового кулера.

- Смазка в подшибниках сдохла
+ Ну тут уже мало что поможет, проще купить новый. У меня, после того, как я повторно смазал, масло разбрызгалось по кольцевому магниту, на него села пыль, и кулер стал застревать на долгие минуты. Кулер был на процессоре, поэтому полопались все конденсаторы, которые были рядом, от жара проца.

- Кулер оброс пылью.
+ Аккуратно сними пыль с лопастей.

- Плохая циркуляция воздуха, потоку воздуха от кулька может что либо мешать.
+ Проверь, не мешат что либо, и есть ли нормальный воздухозабор.

- Аномальные причины: солнечная активность, повышение энтропии, ворона не так каркнула...
+ Тут помогут только шаманские танцы с бубном и песнями богам.

Ps Сними кулер и подключи его куда нибудь, напомню 12v, чтоб подержать его в руках и посмотреть, что с ним не так. Тогда проблема решится сама собой.