Да не могут после установки программы пропасть ВСЕ файлы до определённой даты.
Как ты представляешь себе такую реализацию? Это же пипец какой-то
А сама винда после этого работает в нормальном режиме. Ты посмотри у себя на компе сколько файлов за неделю изменилось. У меня больше 6000.
Что в логах?