был бы где поблизости от места событий - с интересом бы посмотрел как такое могло случиться.
Моя точка зрения - у thinstall есть такая особенность как sandbox. так вот, он мог после работы приложения очищаться, не исключено что вместе с файлами созданными. Также проверь папку %APPDATA% на наличие папки thinstall вдруг там что есть?
Также обязательно выложи портированые программы, надо же оценить действительно ли они трут файлы или это что-то другое?
И еще, если ты работал по трудовому договору и у тебя четко прописано что ты нес материальную ответственность, то это не есть гуд, надо думать как быть, а если же нет, то считай тебе повезло. Если дело совсем плохо, то ознакомься с ТК РФ на всяк случай, а то вдруг есть лазейка для тебя