Дособираем Suhosin patch для PHP (в новых версиях он стоит по дефолту)
#Конфигурим PHP
register_globals = Off (по дефолту он off - но мало ли..)
display_errors = Off
open_basedir = path (коллеги уже рекомендовали)
желательно
allow_url_fopen = off
allow_url_include = off
К апаче прикручиваем mod_security

### Затягиваем гайки (не факт правда что все скрипты будут отрабатывать должным образом - но если уже заработает - то спать можно спокойно

safe_mode = On
magic_quotes_gpc = On

Если есть возможность - убираем с сервака все качалки - wget, curl, fetch, lynx ... - это может стать решающим звеном...

Этого должно хватить