У меня на убунте после выключения OpenVPN'а тоже от сикретлайнса чистились DNS.Я решил проблему вот таким скриптом:

#!/bin/sh
killall -KILL openvpn
echo 'nameserver xxx.xxx.xxx.xxx\r\nnameserver xxx.xxx.xxx.xxx' > /etc/resolv.conf

Там где xxx.xxx.xxx.xxx твой DNS сервер.

P.S Мб проблема не в этом, не знаю.