Кроме разделов на любом винчестере есть главная загрузочная запись - MBR, в которой указываеютя основные параматры загрузки. С нее все и начинается. И от того, что там в конце концов будет прописано, зависит вся загрузка. Сделать раздел активным - не проблема. Но начальные параметры загрузки в размере 512 байт все равно прописываются в MBR, которая на каждом физическом диске одна. А уже потом она передает управление конкретному загрузчику с конкретными параметрами на конкретном разделе. Так что если затрешь ее - можешь делать раздел активным сколько угодно, но без параметров загрузки ничего не пойдет. А любая система при установке правит MBR под себя.