У меня тоже постоянно вылазит проблема с кучей мелких коммитов — теперь просто стараюсь делать один большой и осмысленный перед пушем, так хоть порядок сохраняется. И правда, без .gitignore быстро превращается в бардак с кучей лишних файлов. Главное — не лениться на старте, а то потом горько придётся.