RewriteEngine On
#Запрет обработки корневых запросов
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.domain\.com$ [NC,OR]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^domain\.com$ [NC]
RewriteRule .* - [L]
#Запрет обработки форвардных запросов
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/?.+\.domain\.com [NC]
RewriteRule .* - [L]
#Форвард запроса в саб-фолдер
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(.+)\.domain\.com [NC]
RewriteRule (.*) /%1.domain.com/$1 [L]