1. Зарегистрируйте аккаунт на Яндексе и подтвердите права на управление сайтом. Яндекс недавно ввел новый сервис, теперь сообщает вебмастерам о спаме на сайтах, наличии xss, об апах, и так далее. Пригодится.
2. Можно немного больше информации о сайте? Сайт СДЛ (сайт для людей)?
Контент на сайте уникальный, много ли внешних ссылок? Яндекс в последнее время очень хорошо подкрутил фильтры. У меня тоже пара площадок повылетали.
Можете написать Платону (тех.поддержка Яндекса) на addurl@yandex-team.ru и объяснить что сайт делался для людей, но почему-то выпал из индекса. В теории могут помочь. Хотя обычно просто отвечают шаблонными ответами вида "наполняйте и развивайте сайт, и рано или поздно он попадет в индекс".

Если появились какие-то вопросы- пишите, постараюсь ответить.