что и как делаеш опиши....

человек меняет скрипт.
скрипты меняются кроном в случае изменения файла, или хеша файла(так удобнее)
тот же скрипт, но без крона, который восстанавливает файлы изменённые.(запускается админом, ибо возможно нет крона)
итд итп.

сделай htaccess редирект

Вроде шеллом хтакцесс не отредактируешь...

Какие есть варианты по обходу?

ставишь хтакцесс или правишь морду и выставляешь права только на чтение, иногда прокатывает. из вариантов еще Крон or скрипт на чем угодно, чтоб каждую минуту ставил твой индекс....и т.п.

Это почему ?

да могли и через php скрипт сее сделать! посмотри в процессах на серваке! --ps -aux