Я знаю человека компания которого на заказ писала данную штуковину, команда программистов из 5ти человек потратила 2 недели, сомневаюсь что кто-то поможет бесплатно. Попробуйте нанять профессионалов ибо это дело действительно сложное, либо попробуйте попросить АПИ у 1С.

насколько мне известно она работает с mssql ... Если так то дальнейшей проблемы не вижу

предлагаете получить инфу из одной базы и вставить в другую, после этого вытащив из второй базы и показав в магазине?

можно и так...но что мешает напрямую работать с базой склада?

В принципе ничего, но я особо не вникал, насколько я помню программисты столкнулись с какой то проблемой при написании.

Да и думаю не особо удобно работать с базами двух разных типов на одном сайте. Проще отдельной функцией под кроном раз в час преобразовывать информацию. Ну или чаще в зависимости от необходимости.

разумно

При кривом проектировании модели данных данные бывает из базы вытащить очень сложно
И приходится искать обходные пути. В том числе взаимедействие с ActiveX-компонентами.

Во всех стандартных поставках 1С есть компонента web-расширения.

Если работать напрямую с базой 1С, то компьютер с базой должен быть круглые сутки включён, и у него должен быть статический IP. Больше проблем не вижу. Можно работать и с неполным бэкапом базы 1С, т.к. я не думаю, что магазину нужно будет всё, что есть в базе склада.