стало интересно, 2мин погуглил
вот и ответ:
1. делаем два раздела на флешке: _http://forum.sources.ru/index.php?showtopic=162618&view=showall
2. ставим линукс на флешку: _http://www.opennet.ru/base/sys/install_linux_on_flash.txt.html

линукс на флэшку я поставил, и флэшку на 2 раздела разбил, первый fat32 винда видит, второй ext3 линукс грузица, только надо ещё grub на флэшку поставить и чтобы всё успешно грузилось..
Когдя я ставил ubuntu сначала попробывал поставить первичный загрузчик на sd0 (флэшка), но тогда grub загрузился, но никакого выбора он не давал, просто появилась его консоль..

читай внимательно, во второй ссылке про установку grub'а есть!

формотни флешку и поставь Pupy linux