Проект HungeR.ru представляет единственный в своём роде веб-сервис, который может склеить вам два exe файла в один исполняемый модуль, при запуске которого произойдёт запуск обоих склееных приложений, пока тестовая версия и работает в тестовом режиме, в планах сделать поддержку смены иконки, поддержку запуска файлов любых расширений, ну и много ещё чего, а пока наслаждаемся тем, что есть. http://hunger.ru/joiner
Уверяю Вас - совершенно ничего интересного там быть не может.
Просто работа с массивом байт. А если авторы не глупые люди - то бинарник и один system().
Но если это действительно так интересно - мне ничего не стоит накотать статью c простеньким джойнером.
-------------
Что до практического применения - неплохая защита от барыг.