2018-03-13 введен в строй новый сервер Let's Encrypt с поддержкой протокола ACME v2.
Главное отличие от первой версии, поддержка wildcard сертификатов.
Выпуск данных сертификатов на данный момент возможен только через внесение TXT записи в DNS.
Подробнее https://community.letsencrypt.org/t/acme-v2-and-wildcard-certificate-support-is-live/55579
UPD [2018-03-14]: Статья на OpenNET - https://www.opennet.ru/opennews/art.shtml?num=48255