1. Сменить браузер на нормальный (нормальный браузер == Опера). Нормальный прокс кстати, этот заголовок должен удалить по идее.
2. Можешь поднять проксю на локалхосте и указать MSIE что прокся висит на 127.000.000.001, а прокся уже будет вырезать proxy-connection и передавать на твою анонимную проксю. Правда готовых реализаций лично я не видел, в книжке Фленова по Делфям было нечто похожее (Делфи в шутку и всерьез что умеют Хакеры, глава HTTP прокси сервер), можно использовать с минимальными исправлениями.

> Есть ли способы редактирования отсылаемого заголовка или какие либо способы еще.

Есть, и очень простой. Намек:
http://msdn2.microsoft.com/en-us/library/aa384247.aspx