Для начала надо определиться, всё же медиасервер собрался реализовывать или воспроизведение отдельных файлов через веб-браузер. Для второго варианта надо просто, чтобы у КЛИЕНТА был весь необходимый набор компонентов для воспроизведения.
Для варианта "клиентского":
1. Что лучше? Вот тут надо думать самому, всё же флэш или видео! Если флэш-анимация, то на стороне средств никаких не требуется. достаточно просто упомянуть про Swf на страничке. Браузер при отсутствии компонента просто попросит его загрузить.
2. Что касается видео, то тут уже сложнее. Есть квиктайм и виндовс медиа, их "умалчиваемые" расширения файлов соответственно (mp4 и Wmv). Однако на 100% гарантированно файл воспроизведётся в том случае, если открыт будет в Ie, и кодек, установленный в системе, окажется подходящим. В ином случае, если расширение правильное, браузер попросит компонент (для фаирфокс уже может быть проблемой). Если расширение неправильное, то и того хуже ).
Вообщем, при таких недостатках выбор простейшей схемы оправдан только в случае использования Flash

Сделать полноценный медиа-сервер - задача довольно сложная. О назначении протоколов надо читать в гугле - не надо лениться. Сам медиа-сервер - спецпрограмма, работающая по одному или нескольким указанным протоколам (включая HTTP). Один из этих протоколов (вот не помню какой, но на букву R) предназначен для организации сервиса типа "видео по требованию" - этакий идеальный вариант телевидения - это когда пользователь не просто смотрит, а может выбирать и перематывать. Вообщем - медиа-сервер целиком и полностью предназначен для организации сетевого ТВ с различными во
зможностями. Если не лень, можешь повозиться с документацией VLC Media Player - видео по требованию там точно есть и даже работает (долго настраивал, но получилось)!
У медиа-сервера довольно жёсткие требования:
1. У клиента должно быть специальное ПО для просмотра (отдельный клиент или апплет в браузере), которое может "понять", что же транслирует медиа-сервер. в случае VLC клиентом должен быть тоже VLC ).
2. Видео на медиасервере должно храниться в таком контейнере и с таким кодеком, чтобы при трансляции его не пришлось ещё транскодировать.