Для начала:

Версия ОС
Характеристики машины
Название системы
Вывод top (при перегрузке)

Что значит логи пишутся в файл и какие тут тогда могут быть проблемы с мускульной базой??

Теперь давайте займемся гаданием на кофейной гуще. Не знаю что там у автора за биллинг... Темный какой-то..
Биллинг всегда вещь достаточно прожорливая... Как вариант - снимать/обновлять статистику реже. Одно дело когда в базу происходит запись и проверка баланса раз в минуту и другое когда каждую секунду, а у тебя сотня пользователей он-лайн и тысяч пять записей неактивных пользователей в этой же таблице..

Вычлени компоненты своего биллинга и погляди по команде top, что больше всего грузит систему.

Если грешишь на MySQL (а работа с БД, действительно, в большинстве случаев является самым узким местом), сперва узнай версию. Если у тебя 4.1+ то настрой логирование медленных запросов http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/slow-query-log.html.

Есть ещё парочка конкретных советов, но нужно действительно больше информации.

__________________
My ICQ: 296@463@859 ONLY!! Please check your list!!
И здесь могла бы быть ВАША реклама!!!

У тебя наверное паблик TDS и большое количество трафика... ммм?

__________________
II venēficus, ī m.
(с лат.) волшебник, чародей

Всем, спасибо кто откликнулся, проблему нашел, но не ожидал что будет такова. Вся причина была в канале, который подключил. Служебный трафик валил ядро UTM. Мы бл*ть неделю почти маялись, восстанавливали бызы, думали в них грабли, а потом просто выдернули шнур нового канала и все стало на свои места. =)
Теперь мудрим как бы его заюзать.