Размер кластера, по большей части, влияет на объем памяти, выделяемый под мелкие файлы. Т.е. объем будет выравниваться в бОльшую сторону - допустим, файл, размером в 1 байт будет занимать на диске ровно 1 кластер. Контроллер винта все равно читает дорожками, так что ему будет по барабану, какой там размер кластера в ОС. Быстродействие винта больше зависит от его кеша, чем от настроек ОС.

Скорость чтения/записи обусловлена в основном частотой шины, т.е. больше чем шина ты из него не выдавишь.
Размер класетра выбирай по умолчанию просто.
Внешний HDD на 500Гб есть, но насчёт транцендов незнаю. Опять же 2.5 видел только на 300 с чем то, а вот стандарнтые 3.5 это скока угодно, при условии внешнего река.

Размер кластера

1.(маленький размер) <---------(тут количество файлов)--------->2. (большой размер)


В зависимости от предполагаемого количества и выбирай оптималку
НТФС относительно медленная система (ну и почти самая надежная из win), поэтому на скорость особо это влиять не будет...

Но я бы посоветовал exFat если основная система виндовс
Подробнее про exFat тут: http://ru.wikipedia.org/wiki/ExFAT
Преимущества очевидны

А о какой шине вообще разговор? Скорость передачи данных с винта (если он, конечно, не твердотельный) ограничена сверху скоростью съема данных с блинов. На тех же SATA около 70 мегабайт в секунду, на IDE около 50. Хоть убейся - больше не получишь. На записи может быть чуток получше, за счет кеширования - но это скорее исключение, чем правило.
Выбрать размер кластера можно и нужно, хотя бы потому, что среднее - не всегда самое лучшее. Почти уверен, что винт будет использоваться с крупными файлами. БОльший размер кластера будет экономнее.
Файловую систему я бы выбрал NTFS, а не новинку exFAT хотя бы потому, что последняя еще не обкатана. Кто знает, какие глюки будут. В принципе с ext4 в линуксе то же самое.

размер кластера влияет на производительность. там фишка в размере адресной таблицы. с адресами оных кластеров. Если мне память не изменяет, конечно. Чмоки.
А, да, это еще не все... дело в том, что некоторые криворукие писаки любят писать относительно стандартного размера кластера (если софт низкоуровневый и работает напрямую с файловой системой.) Собственно, стандартный размер кластера рулит.