escapeshellarg - строка обрабатывается шеллом
escapeshellcmd - почти тоже самое )
exec - выполнение
passthru - аналогично
proc_open - выполняет комманду и открывает поинтэра файла для ввода-вывода
shell_exec - комманды через bash
system - опять же выполняет и выводит результат

include()
include_once()
require()
require_once()
инклуд файлов

__________________

Лучше запретить еще eval и preg_replace, файл можно прочитать и выполнить через eval, что аналогично include'у

угу, про eval я выше писал. А preg_replace разве может как-то использоваться злонамерно? Не знал.
Спасибо обоим!

выполнит код, содержащийся в $code

ты имел ввиду popen наверно
http://phpclub.ru/manrus/f/popen.html

proc_open в отличие от popen открывает 2 хендлера - на чтение и на запись.

ShAnKaR именно proc_open, т.е аналог stream_select() но также выполняющий любые комманды..
синтаксис вроде
proc_open ( цмд , дескрипторы строки , куча еще всего )

ну и popen в принципе тожно можно счиатать за "опасную ф-ю"

__________________

echo
Опасна лишь при таком использовании:

Perl:

open(FILE_DESCRIPTOR,FILE_NAME);
# при подставлении пайпа в имя файла - исполнит его
Пример уязвимого кода:
Подставляем в GET запрос index.cgi?param=|id|
и получаем текущий ид

eval(CODE);
# при подставлении ';CODE'в фильтрующуюся переменную которую задает клиент - исполнит код.
Пример уязвимого кода:
подставляем в param '; system('id')' и снова полдучаем текущий ид