/etc/apache2/sites-enabled/000-default.conf -- конфигурация сервера по дефолту, доступна для чтения с любого юзера. Можно попробовать подставить имя сайта, обычно так делают. А если нет, файл ../ports.conf, не знаю насколько актуально, но я в нем иногда находил имена конфигов которые не получалось ручками перебрать. В nginx ситуация аналогичная. И опять же, это если есть права на файл. Если их нет, загляни сюда: https://rdot.org/forum/showthread.php?t=741 (версия PMA низкая, так что и мускул тоже возможно не первой свежести)

Если FreeBSD , то при запросе select load_fie('/') покажет все корневые папки и т.д до нужной папки.

Благодарю, господа!